Der um 1480 entstandene, ausdrucksvolle spätgotische Hochaltar zeigt den gekreuzigten Christus, zu dessen Füßen die ihn beweinende Maria Magdalena kniet. Die beiden seitlichen Figuren St. Maria und St. Johannes sind Arbeiten aus dem späten Rokoko (um 1780). In der Predella des Altars ist ein Beweinungsrelief (entstanden um 1480) eingelassen: Um den Leichnam Christi scharen sich Maria und Johannes, drei heilige Frauen, Nicodemus und Joseph von Arimathäa.
Die Bemalung der Hauptapsis stammt aus der Erbauungszeit der Basilika und zeigt Christus auf dem Regenbogen thronend, in der linken Hand die Weltkugel haltend, die Rechte zum Segen erhoben. Umrahmt wird dieses Motiv von den Symbolen der vier Evangelisten. Bemerkenswert ist die um 1510 geschaffene spätgotische Holzfigur St. Maria mit dem Jesuskind rechts der Mittelapsis. Im Mittelschiff zeigt ein Fresko aus dem 15. Jahrhundert den Kirchenpatron St. Martin auf einem Schimmel, wie er seinen Mantel mit dem Schwert für einen Bettler teilt. Das große Christophorusbild weiter vorne im Mittelschiff entstand um 1370. Am dritten Pfeiler der Nordseite befindet sich eine kleine Darstellung der hl. Dorothea mit Blumenkorb und Palme aus der Zeit um 1420. An der gegenüberliegenden Arkade auf der Südseite zeigt ein Fresko aus dem 14. Jahrhundert den gekreuzigten Heiland mit vier Heiligenfiguren.
Neben den Südfenstern befinden sich einige Renaissancemalereien aus dem Jahr 1588, u. a. erkennt man die Apostel St. Johannes, St. Jakobus und St. Andreas.
Der romanische Taufstein stammt wohl aus der Erbauungszeit der Martinsbasilika. In die Wand sind einige Grabsteine aus unterschiedlichen Jahrhunderten eingelassen.
