Beim Wiederaufbau waren Fürstbischof Marquard Schenk von Castell und österreichische Stifte behilflich. Das Grundschema der mittelalterlichen Anlage wurde beibehalten. Obwohl bislang keine Belege für eine Autorschaft durch Jakob Engel bekannt geworden sind, sind die stilistischen Merkmale so eindeutig, dass von Seiten der Forschung daran nicht gezweifelt wird. Unter Abt Romanus Dettinger (1694-1703) wurde die alte Wohnung des Abtes abgebrochen und 1696 durch eine größere repräsentative Prälatur, die im Westen der Kirche liegt, ersetzt. Ein stuckierter Saal zeigt sein Wappen und Allegorien der Kardinaltugenden. Der Gästebau, eine Zweiflügelanlage, die den westlichen Innenhof ausbildet, wurde 1699 aufgeführt. Er ist durch ein für Engel typisches Ecktürmchen und durch ein Portal mit Lisenengliederung und Sprenggiebel charakterisiert. Die Fassade ist illusionistisch bemalt und zeigt dieselbe, für Engel typische Fenstergestaltung wie beim Schloß in Greding. Der Trakt, der im 20. Jahrhundert für schulische Zwecke genutzt worden ist, enthält einen Festsaal mit Stuckdecke, die aus Akanthusranken und symbolischen Darstellungen der vier Jahreszeiten besteht. Einige der aufwendigen barocken Türumrahmungen haben sich erhalten.
