Aus der spätgotischen Erbauungszeit haben sich von der Kircheneinrichtung ein achteckiger Taufstein (linke Langhausnische), eine Holzfigur des Kirchenpatrons St. Nikolaus (rechte Langhausnische) und – wohl etwas früher (um 1470) entstanden – die Madonna auf dem linken Seitenaltar erhalten.
Die Barockzeit gab der Kirche u.a. die schöne Rosenkranzmuttergottes am Chorbogen (um 1700) und den Hochaltar (1754), eine Arbeit des Eichstätter Schreiners Anton Bochler, die mit dem prächtigen Wappen des Fürstbischofs Johann Anton von Freyberg geschmückt ist.
Ein besonderes Kleinod des Spätbarocks/Frührokokos ist die elegante Kanzel, die nach der Säkularisation aus dem aufgehobenen Notre-Dame-Kloster in Eichstätt nach Pfünz kam. Sie ist eine Schöpfung Ehrgott Bernhard Bendis, des angesehensten Bildhauers Augsburgs seiner Zeit, der eine Tochter im Pensionat von Notre-Dame hatte und deshalb die Kanzel um 1725 unentgeltlich für die Klosterkirche anfertigte.
An die letzten Jahre des Hochstifts Eichstätt erinnern die klassizistischen Seitenaltäre; die fürstlichen Insignien an den dort angebrachten Wappen des Stifters, des letzten Eichstätter Fürstbischofs Joseph von Stubenberg, der sich im Schloss Pfünz gerne aufhielt, deuten darauf hin, daß die Altäre noch vor der Säkularisation, also kurz vor 1802, angefertigt wurden.
