Baugeschichte:
Der Turm und die Friedhofsmauer, eine ehemalige Kirchhofbefestigung, stammen aus dem Mittelalter. Da Bischof Wilhelm von Reichenau für Pfahldorf, das damals zur Pfarrei Gungolding gehörte, 1469 einen „Frühmesser“ genehmigte, bestand jedenfalls zu dieser Zeit bereits eine Kirche in Pfahldorf. 1689 wurde der Turm repariert und der Helm mit grün, gelb und graublau glasierten Ziegeln gedeckt; dieses Dach ist heute noch für die Kirche charakteristisch. Das Langhaus der Kirche errichtete 1760/61 der Eichstätter Domkapitelbaumeister Domenikus Barbieri. 1832 wurde der Turm teilweise abgetragen und neu aufgebaut, wobei die Pfahldorfer sich beim Baulastträger ohne Erfolg über die um 8 Meter geringere Höhe beschwerten.
Innenausstattung:
Die größte Kostbarkeit der Kirche steht in der Nische des Hochaltars: Die Figur des Kirchenpatrons Johannes des Täufers ist eine vorzügliche Schöpfung um 1510. Die Skulptur gehört mit zu den besten Werken der Spätgotik und wird einem Eichstätter Meister zugeschrieben, der u.a. die Figuren des Hochaltars im Eichstätter Dom und das Kruzifix in Obereichstätt schuf; ebenso wie dieses Kruzifix stammt auch die Pfahldorfer Johannesfigur aus dem säkularisierten Kloster Rebdorf. Die übrige Ausstattung der Kirche gehört fast einheitlich der Barock- und Rokokozeit an: Die Kanzel, der Taufstein und der Beichtstuhl entstanden um 1700, die dekorativen Deckengemälde, der Hochaltar mit den guten Seitenfiguren Petrus und Paulus und die Seitenaltäre um 1760.
