In den beiden Verlandungsweihern hat sich die typische Wassertierwelt des Altmühltals erhalten. Hier ist der einzige Ort im Landkreis, für den ein Vorkommen des vom Aussterben bedrohten Kolbenwasserkäfers nachgewiesen ist; dieser Käfer hat ein raffiniertes Verfahren des Luftholens entwickelt: Dicht unterhalb der Wasseroberfläche schwimmend, verwendet er seinen Fühler gewissermaßen als „Schnorchelrohr“ . Für die Eier spinnt das Weibchen einen kunstvollen Kokon, der wie ein Schiffchen aussieht, an einer Wasserpflanze befestigt wird und nur mit einem dünnen „Belüftungsschlot“ aus dem Wasser herausragt.
Weiter kann man in den beiden Tümpeln des Pfünzer Altwassers Wasserläufer beobachten, die mit weit ausgebreiteten spinnenähnlichen Beinen ruckweise über die Wasseroberfläche huschen. Nahe mit ihnen verwandt sind die „Wasserbienen“, käferähnliche Wasserwanzen, die mit ihrem Saugrüssel empfindlich stechen können, und die Schwimmwanzen, die ihre Atemluft – als silberglänzenden Überzug – mit einer Härchenschicht am Körper halten und oft mit dem Bauch nach oben an der Unterfläche des Wasserspiegels entlang kriechen.
Als Nahrung für viele dieser Tierarten dienen winzige Krebstierchen, denen ihre hüpfende Schwimmweise zum Namen „Wasserflöhe“ verhalf. Eine Besonderheit der Teiche ist auch das Vorkommen einer der wenigen fleischfressenden Pflanzen unserer Heimat, des Wasserschlauchs; an den feingefiederten Blättern dieser wurzellos im Wasser schwebenden Pflanze sitzen zahlreiche stecknadelkopfgroße, sackförmige Blasen, die den Fang und die Verdauung kleiner Wassertiere ermöglichen.
